＜あらすじ＞都会っ子の少年「ボクくん」はある年の夏休み、お母さんが臨月なので、田舎で民宿を営む親戚の家にあずけられることになりました。船に乗ったボクがやってきたのは、海辺の町「富海（ふみ）」。ここで８月１日から３１日までの間、ボクくんは叔父の家族たちとともに暮らします。本作は新しい仲間、新しい遊びもいっぱい！★新要素１：自由度の高い絵日記システム搭載！いつでもどこでも描ける絵日記を搭載。バリエーションは約280枚。文章は840パターン。たくさん描いて夏休みを記録しよう。★新要素２：昆虫コレクションの完成を目指せ！昆虫はシリーズ最多の201種類(「ぼくなつ２」の２倍)。次回持越しも可能なので、何度もプレイしてコンプリートを目指そう。ミツバチ・アリジゴク・ジョロウグモなんかもいるぞ。美しい昆虫図鑑も大充実!!★新要素３：「ちょっとタンマ！」でどこでもセーブ！「ちょっとタンマ！」は、どこでもセーブ機能。これを使うといつでもどこでもゲームを中断＆再開できるという、便利な機能！★新要素４：巨大沈没船の巨大な謎を追う！より広く、深くなった海を大冒険。海底に眠る巨大沈没船を探検し、秘密のお宝を探してみよう！？新登場の謎の男性(君野さん)もいるよ。★新要素５：ナゾナゾ姉妹の宿題にチャレンジ！ 新登場のチョコ＆カコの仲良し姉妹が、ボクくんをめぐって争奪戦！？巻き込まれたボクくんは、彼女たちが出す７つの宿題を解くことに。名付けて、姉妹クエスト！！★新要素６：新しい虫相撲をやりまくれ！今回はより戦いやすいようにシステムが大進化！便利な「対戦予想」表示を追加。次回持越し機能も搭載しているので、２週目には無敵の強さまで育てられるかも。