物語は、機関士見習いの少年リンクが、ハイラル国の姫君ゼルダから正式な機関士として任命を受けるところから始まります。国の創世記を知る賢者から、各地で起こっている異変が魔王の復活によるものだと聞かされた二人は、リンクが走らせる汽車に乗って、冒険の旅へと出発します。今作 『ゼルダの伝説 大地の汽笛』 では、「ゼルダの伝説 夢幻の砂時計」 のシステムを引き継ぎつつ、様々な新要素が追加されています。「主人公・リンク」 の移動手段として汽車が登場することや、リンクの命令に従う 「Phantom（よろいを着たキャラクター）」 が仲間となることなど、「ニンテンドーDS」 のマイクに息を吹きかけて風を起こすなど、多彩な仕掛けが用意されています。